但无须回避，试行这一制度，也存在不同学校不同学科对博士生的考核要求不同的问题。如相对于理工科博士大多要参与导师的课题、项目，要给导师干活，导师对申请者的考核比较严格不同，文科生申请博士，由于导师承担资助经费相对较少，且有的文科导师并不需要学生给自己的项目干活，也就更容易出现“放水”问题。另外，舆论质疑的“人情交易”“钱学交易”“权学交易”“近亲繁殖”等问题，也在个别学校的个别导师招收博士生时存在，被举报、曝光。
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「幼稚園時我想成為數學最強者，接著想考進頂尖高中，追求最高SAT分數，然後進入頂尖大學，成為最優秀的滑雪選手。後來我想挑戰所有項目，並贏得所有冠軍。當你嚐到勝利滋味，就會上癮。」